La physiothérapie équine travaille pour la rééducation, la mobilité, le renforcement musculaire et articulaire. Ses outils sont des techniques manuelles, l’électrothérapie, l’hydrothérapie, la thermothérapie, les ultrasons. 

L’appareil musculo-squelettique et tendino-ligamentaire est fragile chez le cheval. Son poids important repose sur ses jambes qui développent souvent des pathologies à leurs extrémités. Selon ses aplombs la charge sera plus forte en avant ou en arrière et donnera naissance à des troubles caractéristiques.

Le dos du cheval est très souvent la cible de douleurs (mauvaise position de la selle, attelage, mors, ferrure, dentition...). La vigilance s'impose pour éviter des douleurs intrinsèques, mais aussi des douleurs de compensation. Le cheval va essayer de se rééquilibrer de lui même et n'y parvenant pas il va déclencher une cascade de dysfonctionnements mécaniques qui pourront  aussi devenir physiologique.